從5月開始，中央流行疫情指揮中心實施「確診個案自主回報疫調系統」。民眾採檢PCR陽性後，手機會收到系統傳送的簡訊，請點選簡訊網址連結至系統網站確實回報疫調資料，協助政府快速掌握密切接觸者等資訊，防止疫情擴散。
以下為疫調系統填報流程：
一、先填入身分證號碼或居留號碼後六碼做身分驗證。
二、請先詳細閱讀「法源依據暨個人資料蒐集告知事項」及確認是否有網頁上所列的症狀，若有相關症狀，請立即連繫當地衛生局人員。
三、 請依自身身分勾選是否符合孕婦、血液透析、年齡大於65歲且獨居，並回想發病前兩日至被隔離日的「可傳染期」期間，曾共同居住、工作或就學的人。
四、 詳細填寫個人基本資訊。
